תפקידו של המסנן להגן על מערכת הטיפול בריח. בכניסה למערך מסנן פחם פעיל ו/או בכניסה למערך מסנן ביולוגי יש להתקין מסנן שתפקידו לעצור את השומנים הנשאבים כחלק מהאוויר. בכניסה למערך היוניזטור יש להתקין שני סוגי מסננים : מסנן גס המיועד לטפל במוצקים כדוגמת גרגרי חול. ומסנן עדין המיועד לטפל בתרחיפים כדוגמת אבק.
